Por volta do ano de 1600, o Rio Grande do Sul era habitado por diversas tribos de índios. Com a chegada dos jesuítas em 1626, foi fundada, na margem direita do Rio Piratini, afluente da margem direita do Rio Uruguai, a Missão Jesuítica de São Nicolau, a primeira povoação fundada no Rio Grande do Sul. A partir desse fato, começaram a chegar à região os brancos civilizados, não só os que acompanhavam os jesuítas, mas também as missões oficiais que vinham de Buenos Aires, a cujo governo estavam subordinadas as Missões Jesuíticas, uma vez que estavam à serviço da Coroa Espanhola.

Com a permanência dos jesuítas no Rio Grande do Sul e o aumento das reduções, que chegaram a 18, vieram também o gado vacum e o cavalar, e isto despertou o interesse dos Bandeirantes paulistas que levavam os índios para os escravagistas e caçavam o gado para lhes tirar o couro para uso próprio, a carne para seu consumo e o sebo para vender no comércio internacional da época. Devido aos freqüentes ataques dos Bandeirantes, as Reduções Jesuíticas foram se transferindo para a margem esquerda do Rio Uruguai, já que os Bandeirantes não transpunham esse rio e assim os jesuítas ficavam a salvo de seus ataques.

Nessas retiradas, muitos índios não acompanhavam os Jesuítas e se dispersavam pelos matos. ado algum tempo da retirada das Missões Jesuíticas para a banda ocidental do Rio Uruguai, os Bandeirantes encontraram novos interesses com a descoberta de ouro no Brasil Central, mais precisamente em Minas Gerais, e como conseqüência desinteressaram-se pelos ataques ao sul.

Estes fatos, isto é, a fuga dos jesuítas e dos índios, a descoberta do ouro em Minas Gerais e o desinteresse dos Bandeirantes pelas missões, fez com que o gado vacum aumentasse muito na região missioneira e os cavalos também. Com isso os jesuítas e os índios, que ainda os acompanhavam, voltaram e fundaram os Sete Povos das Missões, começando por São Francisco de Borja (São Borja), que foi o primeiro dos Sete Povos das Missões, fundado em 1682.

Dos índios que não quiseram acompanhar os jesuítas na fuga para a banda ocidental do Rio Uruguai, ficou uma tribo que costumava desafiar os Bandeirantes nos seus ataques, que estabeleceram as suas malocas nas margens esquerda e direita do Rio Uruguai, a cerca de 50 km abaixo da foz do Rio Piratini, afluente do mesmo rio.

Assim, quando os Bandeirantes atacavam na margem direita eles fugiam para a maloca da margem esquerda. Quando os Bandeirantes se retiravam, eles voltavam à margem direita. Ali deixavam aqueles índios os seus vestígios, as suas habilidades e o seu nome que deu origem ao gaúcho brasileiro.

Nessa época surgiram os instrumentos de caça, tanto ao gado vacum quanto ao cavalar. Tais instrumentos eram o laço feito do couro do próprio gado vacum, as boleadeiras e a garrucha que era uma lâmina em forma de meia-lua, presa na ponta de uma vara de madeira e que era usada para desgarronar os animais, especialmente do gado vacum destinado ao próprio consumo. Esta Garrucha foi inventada pelos próprios garruchos, por isso levou o nome deles e não deve ser confundida com a garrucha, arma de fogo, que ali não existia nessa época...

O grande interesse dos índios pela margem direita do rio Uruguai era a abundância de gado e caça, já que, devido à pressão dos Bandeirantes, a região estava quase vazia, tanto de brancos quanto de índios, pois estes eram muito disputados pelos escravagistas e por isso se ocultavam nas matas. Com o desinteresse dos Bandeirantes pela região devido a descoberta de ouro em Minas Gerais, aumentou muito o rebanho dos pampas.

Em 1809, o comando militar que governava São Borja mandou distribuir sesmarias entre os rios Piratini e Icamaquã, afluentes do rio Uruguai. Consta que as famílias Fagundes, Pereira Silva, Santos Robalo, Nolasco, Penteado, Moraes e Lago foram algumas beneficiadas com uma sesmaria, equivalente a uma légua quadrada ou 13 mil hectares. Descendentes dessas famílias até hoje residem na região.

Sabe-se desse tempo, segundo o engenheiro e agrimensor Maximiliano Beschorem, que um vapor argentino havia chegado com maquinário para a usina de açúcar, no outro lado da ribeira. Excepcionalmente, no lado brasileiro também reinava bastante movimento. Lanchões chegavam de Uruguaiana, com cargas para casas comerciais.

Segundo o escritor e historiador Apparicio Silva Rillo, a promoção do povoado à Vila de Santa Barbara de Garruchos ocorreu em ato oficial a 18 de fevereiro de 1891, pela Câmara Municipal de São Borja. Criada a vila, foram estabelecidas normas istrativas, e logradouros públicos receberam nomes de vultos e homenagearam acontecimentos da época. Conclui-se, por esses dados, que Garruchos possui uma história interessante, e que já no final do século ado havia um povoado relativamente desenvolvido e organizado, com comércio, guarnição e diversas atividades, principalmente a pecuária.

A emancipação político-istrativa de Garruchos ocorreu em 20 de março de 1992, através da Lei Estadual 9.609/92, tendo sido desmembrado do município de São Borja.